Lima tahun sudah berlalu semenjak berakhirnya kisah Hatsumei Boy Kanipan, dan watak utama yang bernama Kanipan sudah mencecah usia remaja dan lama mencapai nama sebagai seorang pencipta. Tetapi pada suatu hari, sebuah kapal misteri jatuh dari angkasa lalu terhempas di sebuah pantai. Di dalamnya terdapat seorang robot humanoid betina yang kehilangan segala ingatan dirinya. Maka, terpulanglah kepada Kanipan untuk memulihkan ingatan humanoid itu, dan dalam pengembaraan itu dia secara tidak sengaja menyedari bahawa planetnya diancam bahaya.